- _ -

• __init__() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet , ScrumPy::ScrumPy::Util::SvnClient::SvnClient , ScrumPy::ScrumPy::Util::Simplex::Vertex , ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic , ScrumPy::ScrumPy::Data::Plotter::Data

- a -

• AddAndRemoveRows() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• AddAnnotation() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::AnnotatedOrganism::AnnotatedOrganism
• AddMatchesToPlot() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• AddToField() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::AnnotatedOrganism::AnnotatedOrganism
• AddToPlot() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• AdjMtx() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::StoMat::StoMat
• AtomImbal() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::Compound::DB
• AtomSto() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::Reaction::Record
• AwayFromWorst() : ScrumPy::ScrumPy::Util::Simplex::Simplex

- b -

• BuildStructural() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model

- c -

• ChiSquare() : ScrumPy::ScrumPy::Data::Histo::Histo
• CondensedSMs() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
• Contains() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::ReacTree::ReacTree
• Copy() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• Core() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model

- d -

• DelAnnotation() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::AnnotatedOrganism::AnnotatedOrganism
• DelDupRows() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• DelField() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::AnnotatedOrganism::AnnotatedOrganism
• DelReactions() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model
• DeQuote() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• DisconnectsK() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model
• DupRows() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix

- e -

• ElModes() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::ReacTree::ReacTree
• EnzSubsets() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model
• ExtMetabolites() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::ReacTree::ReacTree

- f -

• FindSS() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• FromDicDic() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• FTest() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- g -

• GetAllNames() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• GetDescendents() : ScrumPy::ScrumPy::Model::Model
• GetDims() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• GetDoneParents() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::ReacTree::ReacTree
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• GetPlotData() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• GetPlotItems() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• GetRow() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
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• GetStatus() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• GetStatusMsg() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• GetStatusSym() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• GetVals() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• GetVec() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• GetVecNames() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• GoodBadBals() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::Reaction::DB

- h -

• HasCol() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• HasRow() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• HistogramUD() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- i -

• InitRows() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• IntegiseR() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• Irrev_ss() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
• IsDeQuoted() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• IsIrrev() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic , ScrumPy::ScrumPy::Structural::Model::Model
• IsModule() : ScrumPy::ScrumPy::Util::Tree::Tree
• IsTerminalModule() : ScrumPy::ScrumPy::Util::Tree::Tree

- l -

• Lower_n_ile() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- m -

• MaxCountRow() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• MaxInRange() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• Mean() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• Median() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- n -

• NamesNonZeroesInCols() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• NewDataSet() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• NewEl() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• nLeafStr() : ScrumPy::ScrumPy::Util::Tree::Tree
• NonZeroesInCols() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• NonZeroR() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix

- o -

• Orthogonalise() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• OrthSubSysts() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::StoMat::StoMat

- p -

• Pearsons() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• PingConc() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model
• Plot() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• PrintMtx() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• PureSimSS() : ScrumPy::ScrumPy::Kinetic::Model::Model

- r -

• Reactants() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::StoMat::StoMat
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• ReacToSS() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
• Read() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• ReadFile() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• RedRowEch() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
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• RemoveFromPlot() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
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• ReQuote() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
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- s -

• SameSS() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
• SaveAnnotations() : ScrumPy::ScrumPy::Bioinf::PyoCyc::AnnotatedOrganism::AnnotatedOrganism
• SaveCondensedModel() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
• SaveFile() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
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• SetFluxBounds() : ScrumPy::ScrumPy::LP::ScrumPyLP::lp
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• SetObjDirec() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
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• Spearmans() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
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• StopFunc() : ScrumPy::ScrumPy::Util::Simplex::Simplex
• Sum() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- t -

• ToCMtx() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• ToColDict() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• ToColList() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• ToDict() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• ToList() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• ToMtx() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::EnzSubset::EssDic
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• ToStr() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• TTest() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- u -

• Upper_n_ile() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet
• UpTri() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix
• Uses() : ScrumPy::ScrumPy::Structural::ReacTree::ReacTree

- v -

• Variance() : ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet

- w -

• Write() : ScrumPy::ScrumPy::LP::glpk::lp
• WriteFile() : ScrumPy::ScrumPy::Util::DynMatrix::matrix , ScrumPy::ScrumPy::Data::DataSets::DataSet